Pasca tumbangnya pemerintahan Orde Baru pada 1998 menjadi momentum bangkitnya kelompok-kelompok Islam radikal, seperti Majelis Mujahidin Indonesia (MMI), Jamaah Islamiyah (JI), Laskar Jihad (LJ), Hizbut Tahrir Indonesia (HTI), dan Front Pembela Islam (FPI). Kelompok-kelompok Islam radikal tersebut berupaya mengubah Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) menjadi Khilafah Islamiyah, mengganti ideologi Pancasila dengan syariat Islam, berjihad fi sabilillah dengan memerangi musuh-musuh Islam, menolak perempuan dan non-muslim sebagai pemimpin. Gerakan radikalisme ini harus dilawan karena menghambat demokratisasi, bahkan tidak sesuai dengan nilai-nilai ajaran Islam sebagai agama rahmatan lil-alamin. Maka dari itu peran Muhammadiyah dan NU sebagai organisasi Islam moderat (wasithiyah) dan kekuatan civil Islam sangat dibutuhkan untuk melawan upaya-upaya kelompok Islam radikal ini. Fokus permasalahan disertasi ini adalah pertama, bagaimana penafsiran Muhammadiyah dan NU mengenai dasar negara, jihad, dan toleransi terhadap non-muslim? Kedua, bagaimana praktik-praktik penafsiran melalui refleksi (kesadaran diri) di kalangan Muhammadiyah dan NU mengenai dasar negara, jihad, dan toleransi terhadap non- muslim? Ketiga, bagaimana konteks relasi kekuasaan dan kepentingan Muhammadiyah dan NU dalam memahami diskursus mengenai dasar negara, jihad, dan toleransi terhadap non-muslim? Dengan menggunakan Teori Interpretasi Ricoeur, Teori Kritis Habermas, dan Teori Hegemoni Gramsci, serta metode hermeneutika fenomenologi Ricoeur disertasi ini menghasilkan temuan-temuan berikut. Pertama, adanya distansiasi dalam proses penafsiran. Mengenai Pancasila sebagai dasar negara, Muhammadiyah menafsirkannya sebagai darul ahdi wa syahadah, NU sebagai mu?ahadah wathaniyah. Muhammadiyah memahami jihad sebagai jihad lil-muwajahah, NU sebagai mabadi? khaira ummah. Muhammadiyah memahami toleransi terhadap non-muslim sebagai ukhuwah insaniyah, NU sebagai ukhuwah wathaniyah. Kedua, penafsiran Muhammadiyah dan NU tersebut merupakan hasil refleksi dan dialektika antara latar belakang, tujuan, dan kepentingan kalangan Muhammadiyah dan NU dengan struktur kekuasaan politik dan struktur kekuasaan lain. Ketiga, adanya relasi kekuasaan dan kepentingan yang menentukan penafsiran, yaitu kekuasaan negara (Orde Baru), kekuatan kelompok Islam radikal, dan kepentingan peneguhan identitas organisasi. Penafsiran Muhammadiyah dan NU tersebut sekaligus sebagai kritik terhadap ideologi radikalisme yang ingin mendirikan Khilafah Islamiyah dan menegakkan syariat Islam di Indonesia sebagai utopis dan ahistoris. Disertasi ini dapat digunakan sebagai bahan untuk pendidikan atau literasi deradikalisasi atau moderasi untuk menangkal tumbuhnya radikalisme. Untuk itu diperlukan kesadaran dan tindakan bersama (collective action) yang melibatkan tiga unsur yaitu negara (state), masyarakat sipil (civil society), dan media massa baru (new mass media).