Skripsi ini merupakan sebuah penelitian studi perbandingan politik yang menggunakan dua studi kasus, yaitu Timor Timur dan Skotlandia yang keduanya merupakan wilayah subnasional dari sebuah negara induk Indonesia dan United Kingdom (Inggris). Dengan menggunakan metode Most Similar Systems Design (MSSD) dan analisis contrast of context, penelitian ini akan membahas referendum kemerdekaan Timor Timur di tahun 1999 dan Skotlandia di tahun 2014. Skripsi ini menemukan tiga faktor utama yang menyebabkan fragmentasi identitas nasional di Timor Timur merujuk kepada proses pembentukan identitas nasional dalam integrasi nasional oleh negara induk dari MacIver (1999). Pertama, dalam dimensi legitimasi, kebijakan yang dilakukan oleh Indonesia bersifat sentralistik dan tidak menyesuaikan dengan keadaan sosio-kultural Timor Timur yang berbeda dengan wilayah lain di Indonesia; kedua, dalam dimensi identitas Indonesia tidak dapat menanamkan identitas nasional Indonesia kepada penduduk Timor utamanya dikarenakan teror kekerasan dan ketidakadilan yang sering terjadi dalam kehidupan penduduk Timor Timur. Sedangkan dalam kasus Skotlandia, terdapat pula tiga faktor yang menyebabkan fragmentasi identitas nasional. Pertama, dalam dimensi legitimasi Inggris berhasil membuat kebijakan yang sifatnya memenuhi kebutuhan dan tuntutan penduduk Skotlandia, bahkan yang diminta oleh kelompok nasionalis; kedua, dalam dimensi identitas Inggris berhasil membuat penduduk Skotlandia berbaur dengan penduduk di wilayah lain Inggris, begitu juga sebaliknya. Sehingga rasa kebersamaan yang disebutkan oleh Guibernau (2013a) penting untuk membentuk identitas nasiona tunggal, akhirnya dapat tercapai di wilayah Skotlandia.