Penelitian ini menganalisis tentang pengaruh faksionalisasi PKS terhadap DPD PKS Kuningan dan pengisian jabatan struktural di Pondok Pesantren Husnul Khotimah. Teori yang digunakan dalam penelitian ini adalah teori faksionalisasi Patrick Kollner dan Mathias Basedau (2005), teori organisasi Burns dan Stalker (1966), dan teori pelaksanaan kekuasaan politik Robert J. House (1991) dan Ramlan Surbakti (1992). Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif dengan teknik pengumpulan data wawancara mendalam dan dan studi dokumen. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa adanya pengaruh dari faksionalisasi PKS terhadap DPD PKS Kuningan dan Pondok Pesantren Husnul Khotimah dalam bentuk penurunan jabatan struktural di Pondok Pesantren Husnul Khotimah terhadap mereka yang menolak berbaiat ulang keanggotaan PKS pada tahun 2018. Temuan penelitian ini memberikan kontribusi baru dalam kajian dampak faksionalisasi partai politik, bahwa faksionalisasi PKS berdampak pada adanya pelaksanaan kekuasaan politik dalam bentuk penurunan jabatan struktural pegawai Pondok Pesantren Husnul Khotimah Kuningan. Implikasi teoritis menunjukkan bahwa teori faksionalisasi, teori organisasi, dan teori pelaksanaan kekuasaan politik hanya dapat menjelaskan pengaruh faksionalisasi PKS terhadap DPD PKS Kuningan dan Pondok Pesantren Husnul Khotimah Kuningan. Meskipun teori-teori itu relevan dan dapat menjawab permasalahan dalam penelitian ini, namun ketiga teori itu tidak menjawab bagaimana hubungan PKS sebagai lembaga politik dan Pondok Pesantren Husnul Khotimah sebagai lembaga pendidikan dapat saling memengaruhi satu sama lain.