Pondok Pesantren merupakan lembaga pendidikan Islam yang memiliki ciri khusus dalam sistem pendidikan. Yang menjadi ciri khusus dalam pendidikan pesantren adalah pendidikan berbasis karakter dan berasrama. Kehidupan asrama di Pesantren menciptakan kondisi hirarki yang muncul dari Kyai atau pemimpin Pesantren yang mendapatkan pengkultusan dari para santri dan tenaga pendidik di Pesantren, struktur hirarki itu disalurkan dari atas ke bawah kepada Pengasuh dan Ustad di Pesantren, dan kemudian didelegasikan dalam pendisiplinan kepada Santri senior. Struktur hirarki tersebut memunculkan extreme authority. Kondisi tersebut mendorong adanya pelaku yang termotivasi dan menciptakan suatu kondisi yang memposisikan santri junior sebagai korban yang tepat atau rentan dari kasus kekerasan fisik. Hal ini diperparah dengan kurangnya pengawasan dan ditambah dengan adanya pengawasan yang bersifat extreme guidance. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan melakukan penelitian di tiga Pondok Pesantren yang pernah terjadi kasus kekerasan fisik hingga menyebabkan korban meninggal dunia. Untuk menganalisa faktor penyebab terjadinya kekerasan fisik di Pesantren teori yang digunakan adalah teori aktivitas rutin, teori relasi kuasa. Sementara untuk meneliti bagaimana pencegahan kasus kekerasan fisik menggunakan teori control sosial. Untuk mendukung analisa teori beberapa konsep digunakan. Diantaranya, konsep kekerasan terhadap anak, konsep pendidikan di Pesantren dan konsep pencegahan kejahatan. Hasil penelitian menunjukan bahwa kasus kekerasan fisik terjadi disebabkan oleh adanya kepemimpinan kharismatik dan paternalistik yang menyebabkan adanya pengkultusan, adanya penyalahgunaan otoritas dalam penerapan disiplin, minimnya pengawasan dan tidak adanya standar baku dalam sistem pengasuhan di Pesantren. Kesimpulan dari penelitian menunjukan bahwa semua teori dan konsep dapat menjelaskan bagaimana kasus kekerasan fisik terjadi dan pencegahannya. Selain itu, peran Kementerian Agama menjadi krusial dalam pengawasan terhadap sistem pengasuhan di Pesantren.